Le due sale del piano superiore sono dedicate, l’una (sala A) ai reperti dalle aree sacre, l’altra (sala B) a quelli dalla città arcaica e classica e dalle necropoli del V sec. a.C. e del III sec. a.C., con una ristretta scelta di materiali che documentano l’attività di vasai e coroplasti dal V secolo a.C. in poi e con una limitata rassegna di reperti relativi alle fasi di vita più tarde del sito. Le due sale A e B sono precedute da una sala d’ingresso, dove, in una teca, sono raccolti alcuni esemplari di monete d’argento di età classica da zecche di diverse città della Sicilia e di Reggio, scoperti tutti nel quartiere settentrionale (Scavi 1996).
Ai muri sono fissate le cornici frontonale e laterale di un edificio sacro del santuario suburbano, mentre nella vetrina centrale è esposto l’altare fittile Heidelberg–Naxos.
Sala A
Gli ex–voto dal santuario sud–occidentale della città, in maggioranza costituiti da protomi fittili femminili di tardo VI secolo – proviene, però, dal mare, dai fondali presso Isolabella l’unico esemplare intero in esposizione – occupano la vetrina a sinistra dell’ingresso. Nel resto della sala sono esposti alcuni dei rivestimenti fittili dei tetti degli edifici scoperti nei due santuari e con essi una ricca rassegna di antefisse a maschera silenica. Un posto di rilievo è occupato nella sala dai frammenti di un grande lastra frontonale, che, con figurazione di Gorgone decorava il frontone di un edificio del santuario suburbano ad Ovest del Santa Venera (580 a.C.). Completano l’esposizione un esemplare di Sfinge, uno di Sirena, entrambi acroteri di un tempio arcaico, insieme con una lastra con figurazione dipinta, tutti dal santuario suburbano.
Sala B
La documentazione dell’abitato dalla fine del VII a tutto il V secolo a.C. è formata soprattutto da vasi o da frammenti di vasi, ma tra essi trovano posto altri manufatti scoperti in contesti domestici, quali frammenti di arule con decorazione a rilievo, statuette, lucerne fornelli portatili. Con i pesi fittili è stato ricostruito un modello di telaio verticale. I corredi dal lembo di necropoli scoperto in contrada Recanati nel 1975 si distribuiscono nell’arco del V secolo a.C. , con una qualche incidenza di importazioni attiche.
Tra i corredi delle sepolture del III secolo a.C. ,generalmente costituiti da unguentari, un posto di spicco occupa il corredo della Tomba del Chirurgo con un raro e ben conservato esemplare di coppa vitrea, forse di fabbricazione alessandrina (inizi del III secolo a.C.).
Ai ritrovamenti sottomarini è dedicata la sala all’interno del torrione che domina il giardino. In essa è in esposizione il vasto repertorio di ancore in pietra e di ceppi d’ancora in piombo (un vero e proprio archivio), esemplari in maggioranza prelevati negli anni ‘60 dal mare di Naxos e dalle vicine baie taorminesi.